১৯৫১ সালের ২৭ মে বরিশালের ম্যাজিস্ট্রেট ফজলুল করিমের সাথে আরজ আলী’র সাক্ষাৎ হয়। সাক্ষাতে ম্যাজিস্ট্রেট জানান বিজ্ঞান চর্চার নামে আরজ আলী গ্রামের মানুষের ধ্যান ধারণা ভেঙে দিতে পারবেন না। জবাবে আরজ আলী জানান তিনি কোন ধ্যান ধারণা ভাঙছেন না, তিনি কেবল প্রশ্ন করছেন। এরপর ম্যাজিস্ট্রেট প্রশ্নগুলো দেখতে চান। তখন আরজ আলী ‘সত্যের সন্ধান’ নামের পাণ্ডুলিপিটি দেন। ম্যাজিস্ট্রেট বললেন তিনি পড়ে শেষ করে তারপর জানাবেন।
কয়েকদিন পর ফৌজদারী মামলার লিখিত ওয়ারেন্ট পাঠিয়ে দেন ম্যাজিস্ট্রেট। কমিউনিস্ট আখ্যা দিয়ে গ্রেফতার করে শহরে চালান করার ব্যবস্থা করলেন। পাকিস্তান আমলে কমিউনিস্টদের প্রতি বিশেষ মাত্রায় নির্যাতন করা হতো। আরজ আলীকে দু’দিন হাজতে আটকে রেখে খুব মারধর করা হলো। পরে থানার দারোগা বুঝতে পারলেন তিনি কমিউনিস্ট নন, তবে বিজ্ঞান চর্চা করেন এবং ধর্ম নিয়ে লিখেন। এসব না লেখার শর্তে তিনদিনের মাথায় মুক্তি পান তিনি। কিন্তু শর্ত মানেননি আরজ আলী। তিনি লিখে গেছেন।