১৯৯২ সালের ২১ অক্টোবর ‘স্বদেশ চিন্তা সংঘে’র এক সেমিনারে আহমদ শরীফ বলেন, “ইসলাম টিকে আছে ইতরদের মধ্যে।” এই কথাটাকে উদ্ধৃত করে জামাত শিবিরের লোকজন উন্মত্তের মত ঝাঁপিয়ে পড়ল। সেই আগুনে ঘি ঢেলে উস্কে দিলেন দৈনিক আজকের কাগজে বদরুদ্দীন উমর ‘নাস্তিকতার আস্ফালন’ নামে একটা লেখা লিখে।
১৯৯২ সালে মৌলবাদীরা সমাবেশে ঘোষণা করে, তারা আহমদ শরীফসহ কোন নাস্তিকের জানাজা পড়াবেন না। আহমদ শরীফও ধর্মীয় নেতাদের জানাজা পড়ানোর অনুরোধ করেননি। ২৪শে ফেব্রুয়ারি, ১৯৯৯ শ্রদ্ধেয় মুরতাদ আহমদ শরীফ স্যার শেষ নিঃশ্বাস ত্যাগ করেন। মারা যাওয়ার আগে তিনি লিখে যান- আমার মৃত দেহ বাংলাদেশ মেডিক্যাল কলেজের ছাত্রদের গবেষণার জন্য দান করবেন। মরণোত্তর দেহ দান করার দলিলে স্পষ্ট করে লিখে দেন-“আমার জানাজার প্রয়োজন নেই”।