ইসলাম বিরোধী কবি অভিযোগ এনে শামসুর রাহমানকে হত্যার পরিকল্পনা করা হয়। নিজেদের ছাত্রলীগের কর্মী পরিচয় দিয়ে ১৯৯৯ সালের ১৮ জানুয়ারি “হরকাতুল জিহাদ আল ইসলামী” (সংক্ষেপে হুজি) দলের সদস্যরা কবিতা সংগ্রহের নামে শামসুর রাহমানের বাড়িতে যায়। সময়-সুযোগ বুঝে ঈদের আগে কবিকে হত্যা করার পূর্ব-পরিকল্পনা করে জঙ্গিরা। সৌভাগ্যক্রমে কবি বেঁচে যান কিন্তু হামলাকারীদের প্রতিহত করতে গিয়ে কবি পত্নী ধারালাে অস্ত্রের আঘাতে আহত হন। শামসুর রাহমানের বিরুদ্ধে মৌলবাদীদের আক্রোশের অন্যতম কারণ এই যে, তিনি তাদের যাবতীয় অশুভ তৎপরতার বিরুদ্ধে নির্ভয়ে কলম ধরেছেন।
আটক হওয়া ৯ জন জবানবন্দিতে উল্লেখ করে যে, জানুয়ারি মাসে বুদ্ধিজীবী হত্যার নির্দেশ দেয় ধর্মীয় নেতা শেখ ফরিদ। অধ্যাপক কবির চৌধুরী, ইসলামিক ফাউন্ডেশনের পরিচালক আব্দুল আউয়াল, বেগম সুফিয়া কামাল, তসলিমা নাসরিন কে হত্যার আদেশ দেয় সে। জানুয়ারিতে হামলার নির্দেশ দিয়ে শেখ ফরিদ দুবাই চলে যায়।