১৯৮৯ সালের ১২ ডিসেম্বরে পুলিশ পীর মেজর (অব.) মতিউর রহমানের আস্তানায় অভিযান চালাতে গেলে পুলিশের সঙ্গে বন্দুকযুদ্ধ হয়। আড়াই দিন ধরে চলে ওই বন্দুকযুদ্ধ। এতে পুলিশের দুই সদস্যসহ ২১ জন নিহত হন। আহত হন ২০ জন। পুলিশের পাঁচ শতাধিক সদস্য ওই অভিযানে অংশ নিয়েছিলেন। পরিস্থিতি নিয়ন্ত্রণে আনতে মর্টারের গোলাবর্ষণও করতে হয়েছিল। আহত অবস্থায় পালাতে গিয়ে পীর মতিউর ও তাঁর ৪৮ সঙ্গী গ্রেপ্তার হন। তাঁর আস্তানা থেকে রাইফেল, রিভলবার, বন্দুক, তির-ধনুক, বল্লম, লাঠি, তলোয়ারসহ বিপুল পরিমাণ অস্ত্র-গুলি, খাকি পোশাক ও সরঞ্জাম উদ্ধার করা হয়। উদ্ধার হয় ২৭টি পাসপোর্ট, যেগুলোতে মধ্যপ্রাচ্যের বিভিন্ন দেশের ভিসা ছিল। দেশে ধর্মীয় জঙ্গিগোষ্ঠীর সশস্ত্র তৎপরতার ওটাই ছিল প্রথম বহিঃপ্রকাশ। এই বাহিনী নিজেদের মুসলিম মিল্লাত নামে পরিচয় দিতো।